رغم مرور أكثر من عقدين على إنشائها، إلا أنها لا زالت تواجه تحديات عدة، مما يعيق قدرتها على مكافحة تفشي الإرهاب بأفريقيا، والقيام بالمهام التي من أجلها دشنت.