أثير اسم خامنئي خلال الحرب الإيرانية الإسرائيلة كواحد من الشخصيات الكبرى في طهران التي قد تصلها نيران الجيش الإسرائيلي، وهو ما أكده وزير الدفاع يسرائيل كاتس الخميس. وقال المسؤول الإسرائيلي في مقابلة: "وفقا لتقديري، لو كان خامنئي في مرمى نيراننا لكنا قتلناه"، لكن "لم يكن الأمر قابل للتنفيذ في النهاية"، لأن المرشد الأعلى اختبأ "تحت الأرض إلى أعماق كبيرة جدا".